La historia de la dirección hunde sus raíces en la restauración de la Universidad (marzo de 1965). Muchos han sido los frailes y laicos que como docentes o administrativos han aportado al proceso y consolidación . La Universidad Santo Tomás desde sus orígenes y restauración se autoconcibe como Universidad de Estudio General, es decir con una clara intencionalidad de orientar la formación de sus estudiantes en la reflexión de los problemas teológicos, filosóficos, disciplinares o científicos. La formación humanística o la tarea de la educación integral, es la razón de ser que fundamenta su identidad y define su Misión en su proyecto educativo.

El nacimiento de la actual Dirección de Humanidades  está unido la Facultad de Filosofía que, como una sola unidad académica, desarrollaba los pregrados en Ciencias Religiosas, Humanismo y al mismo tiempo ofrecía a los demás programas académicas la formación humanística de su plan de estudio.

Inicialmente se constituyó como Departamento de Filosofía y ofrecía cursos de Historia del Pensamiento y Cultura Teológica a las facultades de Ingeniería Civil, Economía y Administración de Empresas y Derecho. En esta primera etapa bajo la conducción del P. Joaquín Zabalza, O.P., la orientación tanto de la Facultad como del Departamento era de tipo universalista, abstracto y escolástico.

A comienzos de la década del 70, varios acontecimientos inciden en la vida de las universidades y afectarán la orientación de la Facultad de Filosofía y del Departamento de Humanidades. Por un lado el desarrollo de las ciencias sociales en Latinoamérica, que hacen volver las miradas a las causas del subdesarrollo en los países del Tercer Mundo. Por otro, el triunfo de la revolución cubana con su experiencia de un nuevo modelo de economía basado en el socialismo. Igualmente aparecen los efectos de la revuelta estudiantil del 68 en Francia, en donde se reclama una universidad más comprometida con los problemas políticos y sociales de su tiempo; el “boom” de la literatura latinoamericana que nos revela la realidad de la identidad latinoamericana; la teología de la liberación muestra una nueva forma de hacer reflexión teológica, asumiendo la realidad socioeconómica de los pueblos; la segunda Conferencia Episcopal Latinoamericana en Medellín denuncia las injusticias sociales como verdaderos pecados sociales, reclama cambios estructurales y pone en marcha la iglesia de los pobres; el diálogo entre cristianos y marxistas propugna unir esfuerzos en las metas comunes por la liberación de los pueblos.

Estos acontecimientos políticos, económicos religiosos y culturales, entre otros, repercuten en la vida de las Facultades, especialmente en Filosofía, Sociología y Derecho. Después de varias actividades de protesta, a mediados del 73, la representación estudiantil es aceptada por sus autoridades, en los órganos colegiados de la Universidad, siendo Rector el P. Luis J. Torres, O.P. Por primera vez el estamento estudiantil hace parte del Consejo Académico de la Universidad, a través de sus representantes de la Facultad de Filosofía y Sociología, al mismo tiempo, se nombran representantes de curso y representantes a los Consejos de Facultad.

Los estudiantes de la Facultad de Filosofía en esta época, muy numerosos y activos, junto con los estudiantes de Derecho en la sede del norte, agitan las banderas del compromiso político de la filosofía en los procesos de transformación de la sociedad.

En medio de estos acontecimientos, a mediados de 1974 nace otra unidad académica que ejercerá gran influencia en el desarrollo académico y de proyección social de la Universidad, el Centro de Enseñanza Desescolarizada (CED). Con ésta se da inicio a una segunda etapa de la Facultad de Filosofía y del Área de Humanidades. Es un período caracterizado por la orientación latinoamericana y de la Filosofía de la Liberación. La docencia no era sólo el espacio de reflexión de los problemas del hombre, sino de búsqueda de transformación de la realidad y de compromiso social.

La Facultad de Filosofía, el Área de Humanidades y el CED se convierten en una escuela filosófica, en comunidad académica bajo el liderazgo de su maestro y gestor P. Joaquín Zabalza, O.P., y el Vicerrector Académico P. José Luis Sanz Tena, O.P. Con el Acuerdo 11, de Agosto 11 de 1974, el Consejo Superior tomó la decisión de unificar la formación humanística de la Universidad en un solo Departamento, con el nombre provisional de Departamento de Filosofía y Cultura Teológica, perteneciente a la Facultad de Filosofía.

En este período se dan algunos hechos:

1. Se vinculan nuevos docentes privilegiando a los egresados de la Facultad y se conforman grupos de estudio.
2. El plan de estudios humanístico para todos los programas académicos de la Universidad se define con las asignaturas de Tomismo, Antropología, Cultura Teológica, Filosofía Política y Ética.
3. La investigación y producción de materiales para el Centro de Enseñanza Desescolarizada tiene un gran desarrollo.
4. En 1980, se da comienzo a la convocatoria de los Congresos Internacionales de Filosofía.
5. Se da una especial atención metodológica a la elaboración de antologías para cada una de las asignaturas de Humanidades, como guías para el desarrollo de los programas académicos de las facultades.

Fruto de los procesos académicos al interior de la Universidad, especialmente en la triada Facultad de Filosofía, Centro de Enseñanza Desescolarizada y Área de Humanidades, se constituye un equipo de trabajo para pensar la Formación Humana Integral en las condiciones locales y globales para el futuro profesional de la USTA. El Acuerdo 19-24 de Agosto 4 de 1993, implementa en forma oficial la necesidad incluir la formación humanística la Epistemología. Igualmente se incluye la importancia de la Formación Física Integral, el dominio de una segunda lengua y la Proyección Social de todos los programas académicos.

Posteriormente, después de un periodo de crisis institucional, en el 2000 se reestructura como Departamento de Humanidades y Formación Integral, consagrando sus principios y lineamientos generales en la Revista Análisis No. 65-66, correspondiente al periodo Enero de 2000–Diciembre de 2001; este nuevo momento se caracterizó, entre otros, por los siguientes elementos:

1. La centralización en el Departamento de los procesos formativos humanísticos, de idiomas y de cultura física.
2. La consolidación de la interdisciplinariedad y transversalidad de todos sus cursos. Estudiantes de diferentes programas académicos comparten el desarrollo académico de todos los cursos.

El Departamento de Humanidades y Formación Integral es legalizado en el Acuerdo 10 del Consejo Superior de Agosto 30 de 2004, 11 días después de la promulgación de la tercera edición del PEI, el cual, además de responder a la necesidad de la USTA de auto-comprenderse y auto-proyectarse, preparaba a la Universidad para la proximidad de la iniciación del proceso de Acreditación Institucional (USTA, 2004a, p. 7), en consonancia con los Lineamientos para la Acreditación expedidos por el CNA. En este mismo año vieron la luz el Estatuto Docente y la Política Curricular, seguidos en el año 2005 por el Reglamento Estudiantil para Pregrado y el PROIN, como evidencia del compromiso institucional en su proceso de autorregulación con miras al perfeccionamiento continuo.

En el año 2008 es publicado el Plan General de Desarrollo 2008-2011, teniendo plena conciencia de que

[…] los retos que le imponen a la Universidad la globalización, la sociedad del conocimiento, los avances científicos y tecnológicos, así como las necesidades de la comunidad en el ámbito regional, nacional e internacional se deben integrar a los principios institucionales: humanismo cristiano tomista, formación integral de las personas en el campo de la educación superior, búsqueda universal del saber, principios axiológicos y servicio a la sociedad, para obtener logros de calidad, excelencia institucional e impacto en la sociedad (USTA, 2008, p. 15).

Esta última etapa del Departamento de Humanidades y Formación Integral, orientada por la Rectoría bajo la tutela del P. José Antonio Balaguera Cepeda, O.P., en fiel observancia a los objetivos institucionales expresados en los diferentes Planes de Desarrollo elaborados con miras a la plena realización de la Misión Institucional, se ha caracterizado, entre otras muchas, por las siguientes realizaciones:

1. Se vinculan nuevas generaciones de docentes. Egresados distinguidos de la Facultad de Filosofía entran a dinamizar la docencia y la investigación en el Departamento; además, se tiene especial atención en vincular docentes de otras escuelas, universidades y profesiones en áreas distintas a la filosofía y teología.
2. Las Cátedras Opcionales Institucionales se ofrecen a todos programas académicos como espacios complementarios de formación humanística, en temas coyunturales y de actualidad.
3. Se produce la escisión del Área de Idiomas del Departamento y se constituye en el Instituto de Lenguas Fray Bernardo de Lugo, O.P. El Área de Cultura Física se convierte en la Cátedra de Formación Física Integral Henri Didon, O.P.
4. Como resultado de las acciones de mejoramiento y del proceso de planeación estratégica, se reestructura las diferentes acciones del Departamento a través de comités.
5. Se estrecha la relación entre el Departamento de Humanidades de la Sede Principal-Bogotá y los Departamentos de las demás sedes y seccionales de la USTA. En el periodo intersemestral de 2010 se lleva a cabo en la Seccional de Villavicencio el VII Encuentro Nacional de Humanidades, de donde se destacan las siguientes conclusiones: todas las seccionales implementarán el modelo de estructura administrativa de la Sede Principal; las diferentes seccionales implementarán un Seminario Permanente de Formación Docente, siguiendo el modelo de la Sede Principal; se crea y consolida la Red Nacional de Humanidades Tomás de Aquino; y se constituye un Consejo Nacional de Humanidades, con miras a la unificación del ejercicio de las Tareas Sustantivas.
6. Se consolidan los grupos de investigación. Fundamentalmente, se promueve y se articula la investigación y la proyección social como parte sustantiva de su quehacer. Se crea el Centro de Investigación en Humanidades -CIHU-.
7. Se estimula la formación docente a nivel de maestrías y doctorados.
8. Se inicia la implementación de las TIC, como apoyo a los procesos de Docencia, Investigación y Proyección.